Почетак рада Богословије Светих Кирила и Методија у Нишу можемо описати у једној реченици Светог Владике Николаја: „Без страдања нема Васкрсења, без понижења нема узвишења“. Заиста је тако све и почело. То је свети парадокс наше хришћанске вере. На Голготи, када је све изгледало изгубљено и очајно, Христос је показао да смрт нема снагу над Животодавцем. Он је смрћу уништио смрт, како певамо у васкршњем тропару. Зато сведочимо и то да је упркос страдању Богословије у Призрену, у Нишу израсло и друго крило задужбине Симе А. Игуманова. Па сада, као птица, са двоја крила, једно у Нишу, а друго у Призрену, сведочи истину Цркве Христове.
Марта 2004. године, у невиђеном погрому над остацима Српског народа и његове културне и духовне баштине на Косову и Метохији, поред свих православних храмова у Призрену, зграде Епископије, спаљена је и, готово до темеља, разорена и Призренска Богословија. Све што је на себи имало обележје српско, православно у Призрену је уништено. Богословију, због њене богате и раскошне историје, пуне пожртвовања и рада у циљу опстанка Срба на Косову, ни овај пут није заобишла судбина њеног народа. Богословија се нашла на мети албанских екстремиста са посебном и изненађујућом дозом
мржње. Све зграде: чика-Симина, (најстарија зграда у комплексу), управна, новоподигнута зграда са кухињом, трпезаријом, салом за приредбе и собама за ученике, гардероба, професорски станови, све је плански и систематски опљачкано, а потом и запаљено.
У исто време, у Нишу, у току су интезивни радови на новој, модерној и за школске потребе прилагођеној згради Богословије. Над новом Богословијом у Нишу бди Анђео Српске Цркве, Патријарх Павле, Главни старалац Задужбине Симе А. Игуманова Призренца. У тешко време, обремењено многим невољама, учињено је много. Оно што је најважније, Богословија је успела да кроз све Сциле и Харибде овога света и века изађе не само светла лика и неокаљана, већ и као школа која обећава да ће сви задаци које је пред њу поставио њен ктитор и добротвор Сима Игуманов и Светосавска Црква успешно реализовати на славу Божју и корист народа нашег. Како је већ 1999. године било јасно да, због свеукупне ситуације на Косову и Метохији, Богословија у Призрену неће моћи да настави рада, почело се размишљати о алтернативним решењима. Било је предлога да се Богословија измести у Нови Сад, или у Земун. Но, када је на позив митрополита Амфилохија (Радовића) позван на Синодску седницу да изнесе своје мишљење о овој ствари, ректор прота Милутин Тимотијевић је био
категоричан да је најбоље место за Богословију Ниш, и то из неколико разлога: У том делу Србије не постоји ниједна духовна школа, која би покривала подручје од Врања до Београда; Ниш је универзитетски град, па је лако наћи квалификовани кадар; У време Другог светског рата, по налогу Светога синода, ректор Богословије у Призрену, прота Живан Маринковић, отворио је Богословију у Нишу, ради завршетка започетих разреда. Ниш је велики саобраћајни центар, из кога се може лако и отпутовати и у њега допутовати. Ниш има једну од најбогатијих и најјефтинијих пијаца, што за Богословију, као школу интернатског уређења, није неважно.
Пошто је Свети синод уважио ове разлоге, почело се са трагањем за адекватном зградом у Нишу. Веома брзо се схватило да се од државе не може добити ништа, па је одлучено да се Црква ослони на сопствене снаге. Тадашњи епископ нишки, потоњи Патријарх српски, Г. Иринеј је понудио Метох манастира Хиландара, на Делијском вису у Нишу, што је прихваћено и од Светога архијерејског сабора потврђено на његовом ванредном заседању,
13. септембра 1999. године. Ректор прота Милутин је одмах дошао у Ниш да покрене радове на сређивању зграде Метоха за нове потребе. Епископ Иринеј је покренуо људе из Општине и већ 20. септембра су почели радови на адаптацији поткровља на згради Хиландарског метоха. У згради Метоха су смештене зборница и ректорат, економат, спаваоница и учионица, кухиња и трпезарија, као и станови за ректора и професоре-васпитаче. За потребе Богословије је у зиму 1999. године подигнута и нова, монтажна зграда у којој су спаваонице и учионице. У дворишту постоји и црква, посвећена Васкрсењу Христовом, у којој се свакодневно служе света богослужења на којима учествују професори и ученици Богословије.
Када је одлучено да Богословија буде смештена у Нишу, у Хиландарском
метоху, прионуло се да се остваре макар минимални услови за живот и рад школе. Требало је почети све испочетка, од кашика и виљушака, до зграда за учионице, спаваоне, станова за професоре и томе слично. Када је школа почела са радом у импровизованим условима, одмах се почело размишљати о подизању нове, адекватне зграде за школу, јер је постало јасно да повратак у Призрен неће бити могућ, макар не тако брзо. Да је простор Метоха био претесан и неадекватан сведочи и то да су два разреда послата у друге Богословије, ради растерећења ове. Од 18 – 23. октобра 1999. године,
четврти разред је упућен у Богословију Св. Арсенија Сремца у Сремским Карловцима, да тамо доврши своје школовање а трећи разред је, заједно са својим разредним старешином г. Живком Подгорцем, послан у Богословију Св. Петра Дабробосанског у Србиње, али се по окончању школске године, када су се стекли елементарни услови за живот, вратио у матичну Богословију, у Ниш. Богословија је, наиме, купила две куће, на око 600 метара од школе, где су ученици спавали, док су у Метоху учили и хранили се. Редовна настава за ученике петог разреда почела је почела 01. децембра 1999. године и са њима је рађено до 05. јануара 2000. године, када су отишли својим кућама на божићни распуст. Ученици првог и другог разреда су у школу дошли 20. фебруара, и сутрадан, 21. фебруара је почела настава, која је без прекида држана до 05. јуна, када је завршена прва школска година Богословије у Нишу. Тако је живот и рад Богословије у Нишу ушао у свој
уобичајени ред.
Почетком априла месеца 2000. године, Дирекција за изградњу града Ниша добила је благослов Епископа Иринеја да распише југословенски конкурс за изградњу зграде Богословије на новој локацији, али у кругу Хиландарског метоха. Конкурс је објављен у новинама 04. априла 2000. године, а већ 18. јуна, на Духове, било је резултата овога конкурса. Председник жирија је био г. Паја Крунић, председник ИО града Београда.
Додељене су награде учесницима, али како ниједан рад није у потпуности задовољавао очекивања Епископа и Ректора, али ни потребе школе, јер аутори нису познавали живот у интернату Богословије, приступило се тражењу алтернативног решења, на основу добијених радова. Цела 2000. година и половина 2001. протекла је у трагању за повољним и функционалним пројектом нове зграде. Због презаузетости Патријаха Павла, темељ за нову зграду Богословије је освештао Епископ нишки Г. Иринеј, у суботу, 11. августа 2001. године, уз присуство целокупног нишког политичког врха, као и министра унутрашњих послова СРЈугославије г. Зорана Живковића. Први земљани радови на зидању нове, модерне зграде Богословије од 7500
квадратних метара, почели су месец дана раније, 01. јула 2001. године и требало је да се заврше за 165 дана.
Нова зграда је зидана средствима Задужбине Симе Андрејевића Игуманова Призренца и завршена је у року и усељена је 25. августа 2005. године. Нова школска 2005/2006. година почела је у новој, савременој згради, пројектованој управо за потребе Богословије, у којој и ученици и професори имају оптималне услове за живот и рад. Нова зграда је освећена 07. октобра 2006. године. Чином освећења је началствовао бивши ученик Призренске
Богословије Митрополит загребачко-љубљански Г. Јован, уз саслужење, такође бившег ученика ове Богословије, митрополита дабробосанског Г. Николаја и тадашњег епископа рашко-призренског Г. Артемија. Том приликом је у име Његове Светости Патријарха српског Г. Павла и Светог архијерејског синода, члан Светога синода епископ зворничкотузлански Г. Василије, Богословији уручио високо одликовање Српске Цркве – Орден Светога Саве првог степена. Ово је други пут да Богословија добија ово високо признање.
Први пут је то било 1996. године, приликом освећења нове зграде трпезарије у Призрену и сада, други пут.
Настављајући традицију, професори Богословије, сада у новој средини, сведоче истину православне вере. На најразличитије начине укључени су црквени и културни живот града Ниша, у чему су подржани од стране Високопреосвећеног АЕМ нишког г. Арсенија, свих његових претходника на трону Епископа нишких, али и локалног свештенства. Тако је, на дан Св. апостола и јеванђелиста Луке, 2001. године, у Богословији оформљен и почео да живи Центар за Црквене студије, на чијем је челу проф. др Драгиша Бојовић, а чији су први чланови и прегаоци били управо професори Богословије. Ученици Богословије су присутни на свим прославама и културним дешавањима у Нишу, било кроз свој хор, било на други начин… Настава се у Призренској Богословији у Нишу изводи по плану за петогодишње богословије, усвојеном у Сремским карловцима 2006. године, допуњеном у Нишу 2007., Крагујевцу 2009., Београду 2011., и на крају 31. марта, опет у Сремским Карловцима. Живот у интернату Богословије се одвија по устаљеној пракси, регулисан Уредбом о богословијама Српске Православне Цркве и Правилником о животу и раду у интернату богословије.
У школи, поред ректора протојереја Дејана Крстића, предају и следећи
професори: др Никола Тодоровић, протојереј др Бобан Стојковић, ђакон др Ранђел Стошић, др Ненад Мијалковић, јереј Стефан Цинцаревић, ђакон Предраг Владисављевић, ђакон Александар Глишовић, јереј Љубиша Костић, др Александар Стојановић. Хонорарни наставници: протођакон Ђорђе Филиповић, др Жељко Младеновић, г-ђа Анђела Стојановић.
Од школске 1999/2000. до, закључно са школском 2023/2024. годином, Призренску Богословију у Нишу је завршило 489 ученика.
Призренска Богословија Светог Кирила и Методија у Нишу има своје корене у Призрену, којих се не одриче. Историјска мисија ове Богословије је огромна. У тешким, готово немогућим, поратним условима учинила све што је могла, и више него што се од ње очекивало: сачувала је име, традицију, континуитет славне Богословије на Бистрици; сачувана је школска архива и библиотека; сачувана су радна места наставног и помоћног особља и, најважније, сачувала је животе и ученика и професора и помоћног особља; ни
једна школска година није изгубљена. Очигледно је благослов Божји над обе куће Симе Андрејевића Игуманова и оне у Призрену и ове, у Нишу. Данас, када се осврћемо иза себе у покушају да сагледамо 150 година дугу историју Призренске Богословије, чинимо то са вером да наш ктитор и добротвор Чика-Сима са одобравањем гледа обе своје Богословије, радујући се успесима ,,синова његове Отаџбине“.